A
Agluona (Minijos baseinas, Minijos intakas; Agluonėnų, Priekulės seniūnijos)
Agluona (Jūros baseinas, Šešuvio intakas; Tauragės rajonas, Tauragės seniūnija)
Agluona (Ventos baseinas, Vadaksties intakas; Akmenės rajonas, Akmenės seniūnija)
Aiseta (Žeimenos baseinas, Kiauno ež. intakas; Molėtų rajonas, Čiulėnų seniūnija)
Aisė (Minijos baseinas, Veiviržo intakas; Klaipėdos rajonas, Saugų seniūnija)
Aitra (Jūros baseinas, Jūros intakas; Rietavo, Kvėdarnos seniūnijos)
Akmena (Jūros baseinas, Jūros intakas; Šilalės, Mažonų seniūnijos)
Akmena - Danė (Baltijos jūros intakas; Kretingos, Kretingalės, Sendvario seniūnijos)
Aknysta (Šventosios baseinas, Šventosios intakas; Anykščių rajonas, Debeikių seniūnija)
Alantas (Minijos baseinas, Minijos intakas; Kretingos rajonas; Kartenos seniūnija )
Almaja (Žeimenos baseinas, Srovės intakas; Aukštaitijos nacionalinis parkas)
Alna (Nemuno baseinas, Zapsio ežero intakas; Lazdijų rajonas, Lazdijų, Kučiūnų seniūnijos; ir Lenkija, Seinų pavietas, Seinų gmina)
Alovė (Nemuno baseinas, Nemuno intakas; Alytaus rajonas, Alovės seniūnija)
Alšia (Nemuno baseinas, Verknės intakas; Nemaitonių, Stakliškių seniūnijos)
Ančia (Jūros baseinas, Šešuvio intakas; Skaudvilės, Batakių seniūnijos)
Anykšta (Šventosios baseinas, Šventosios intakas; Anykščių rajonas, Anykščių seniūnija)
Antvardė (Nemuno baseinas, Mituvos intakas; Jurbarko rajonas, Girdžių seniūnija)
Apaščia (Lielupės baseinas, Nemunėlio intakas; Parovėjos, Nemunėlio Radviliškio)
Apšė, Apša, Apše (Bartuvos baseinas ir intakas; Skuodo, Aleksandrijos seniūnijos)
Armona (Šventosios baseinas, Šventosios intakas; Ukmergės rj., Deltuvos seniūnija)
Aseka (Žeimenos baseinas, Linkmeno ež. intakas; Aukštaitijos nacionalinis parkas)
Ašva (Minijos baseinas, Veiviržo intakas; Šilutės rajonas, Švėkšnos seniūnija)
Ašva (Ventos baseinas, Vadaksties intakas; Mažeikių rajonas, Reivyčių seniūnija)
Aunuva (Ventos baseinas, Ventos intakas; Kelmės rajonas, Šaukėnų seniūnija)